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氫鍵屬不屬于于分子間作用力，取決于對“分子間作用力”的定義。按照廣義范德華力定義【引力常數(shù)項(xiàng)可將各種極化能（偶極、誘導(dǎo)和氫鍵能）歸并為一項(xiàng)來計(jì)算】，氫鍵屬于分子間作用力。按照傳統(tǒng)定義：分子間作用力定義為：“分子的永久偶極和瞬間偶極引起的弱靜電相互作用”那么氫鍵不屬于（因?yàn)闅滏I至少包含四種相互作用，只有三種與分子間作用力有交集，但還存在最高被占用軌道與另一分子最低空余軌道發(fā)生軌道重疊）。

氫鍵即可以存在與分子內(nèi)也可以存在于分子間。其次，氫鍵與分子間作用力的量子力學(xué)計(jì)算方法也是不一樣的。另外，氫鍵具有較高的選擇性，不嚴(yán)格的飽和性和方向性；而分子間作用力不具有。在“折疊體化學(xué)”中，多氫鍵具有協(xié)同作用，誘導(dǎo)線性分子螺旋，而分子間作用力不具有協(xié)同效應(yīng)。超強(qiáng)氫鍵具有類似共價(jià)鍵本質(zhì)，在學(xué)術(shù)上有爭議，必須和分子間作用力加以區(qū)分。

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