醌類化合物多具酚羥基，故具有一定的酸性。在堿水溶液中成鹽溶解，加酸酸化后被游離又可重新沉淀析出。

醌類化合物因分子中酚羥基的數目及位置不同，酸性強弱表現出顯著差異。一般含有羧基的醌類化合物酸性較強。不含羧基的醌類化合物隨酚羥基數目增多酸性增強，酚羥基數目相同時，酚羥基的取代位置對酸性產生較大影響。由于受羰基吸電子作用的影響，β-羥基上氧原子的電子云密度降低，質子解離度增高，故β-羥基醌類化合物的酸性強于α-羥基醌類化合物。α-位上的羥基因與相鄰羰基形成分子內氫鍵，降低了質子的解離程度，故酸性較弱。

根據醌類酸性強弱的差別，可用堿梯度萃取法進行這類化合物的分離工作。以游離蒽醌類衍生物為例，酸性強弱按下列順序排列：含-COOH＞含兩個以上β-OH＞含一個β-OH＞含兩個α-OH＞含一個α-OH.故可從有機溶劑中依次用 5%NaHCO3、5%Na2CO3、1%NaOH 及5%NaOH 水溶液進行梯度萃取，達到分離的目的。