急性菌痢應與急性胃腸炎、阿米巴痢疾、等鑒別，中毒型菌痢應與鑒別，慢性痢疾應與結腸癌、等鑒別。細菌性食物中毒多集體發(fā)病，起病急、病程短、嘔吐劇烈、水樣便。流行性乙型腦炎的流行季節(jié)、臨床表現(xiàn)與急性重型、中毒型菌痢相似。應及早作鹽水灌腸，采取大便標本作鏡檢及細菌培養(yǎng)，以明確診斷。阿米巴痢疾起病一般緩慢，少有毒血癥癥狀，里急后重感輕，便次較少，要注意與菌痢相區(qū)別。其腹痛以右側為主，典型者有果醬樣大便，糞鏡檢見紅細胞成堆，而白細胞少，可找到阿米巴滋養(yǎng)體。乙狀結腸鏡檢查所見兩者不同，于病變部位取材檢查病原體也不相同。對慢性腹瀉患者，應想到直腸癌的可能性，及時作肛門指檢及乙狀結腸鏡檢查以明確診斷。