（一）菌群分析：為主要檢查方法，有定性分析和定量分析2種。

　　1、定性分析：與一般微生物學(xué)檢查相同，如葡萄球菌炎糞便涂片革蘭氏染色可發(fā)現(xiàn)成堆的陽性葡萄球及中性多形核細(xì)胞，糞便培養(yǎng)可有大量葡萄球菌生長(zhǎng)。白色念珠菌性腸炎可采取其病理材料直接涂片，經(jīng)氫氧化鉀溶液處理并革蘭氏染色，鏡檢可見成簇的卵圓形白色念珠菌。革蘭氏染色陽性，細(xì)胞內(nèi)著色不均勻、細(xì)菌培養(yǎng)可形成奶油色表面光滑細(xì)菌樣落，帶有酵母氣味。但除三度比例失調(diào)（即菌群交替癥）能檢出外，其他比例失高則難以分析。因此，除定性檢查外，尚需進(jìn)一步作定量檢查，以判斷數(shù)值是否正常。

　　2、定量檢查：首先需將糞質(zhì)均質(zhì)化，并按一定比例稀釋，培養(yǎng)后還須計(jì)算各類細(xì)胞菌落計(jì)數(shù)以求出細(xì)菌總數(shù)值，手續(xù)麻煩，一般實(shí)驗(yàn)室很少采用。正常菌群分析所用的培養(yǎng)基，要求具有高度的選擇性，如S培養(yǎng)基對(duì)腸道致病菌，伊紅美藍(lán)培養(yǎng)基對(duì)腸道需氧的革蘭氏陰性桿菌，醫(yī)學(xué)`教育網(wǎng)搜集整理7.5%氯化鈉瓊脂對(duì)葡萄球菌，少鮑氏瓊脂對(duì)真菌等。培養(yǎng)方法除需氧培養(yǎng)外，必要時(shí)尚需厭氧培養(yǎng)，需氧培養(yǎng)與一般細(xì)菌培養(yǎng)相同，厭氧培養(yǎng)則采用生物厭氧法或厭氧缸法。

　　（二）結(jié)腸鏡檢查：腸粘膜呈彌漫性充血、水腫、血管分支模糊不清或消失。有散在的糜爛潰瘍及出血，有時(shí)可見黃色假膜附著。