這是FCM在臨床醫(yī)學(xué)中應(yīng)用最早的一個領(lǐng)域。首先需要把實體瘤組織解聚、分散制備成單細(xì)胞懸液，用熒光染料（碘化吡啶PI）染色后對細(xì)胞的DNA含量進行分析，將不易區(qū)分的群體細(xì)胞分成三個亞群（G1期，S期和G2期），DNA含量直接代表細(xì)胞的倍體狀態(tài)，非倍體細(xì)胞與腫瘤惡性程度有關(guān)。

（1）發(fā)現(xiàn)癌前病變，協(xié)助腫瘤早期診斷：人體正常組織發(fā)生癌變要經(jīng)過一個由量變到質(zhì)變的漫長過程，而癌前細(xì)胞即處于量變過程中向癌細(xì)胞轉(zhuǎn)化階段。人體正常的體細(xì)胞均具有比較穩(wěn)定的DNA二倍體含量。當(dāng)人體發(fā)生癌變或具有惡性潛能的癌前病變時，在其發(fā)生、發(fā)展過程中可伴隨細(xì)胞DNA含量的異常改變，F(xiàn)CM可精確定量DNA含量的改變，作為診斷癌前病變發(fā)展至癌變中的一個有價值的標(biāo)志，能對癌前病變的性質(zhì)及發(fā)展趨勢作出估價，有助于癌變的早期診斷。有資料證實，癌前病變的癌變發(fā)生率與細(xì)胞不典型增生程度有密切關(guān)系，增生程度越重，癌變發(fā)生率越高。隨著細(xì)胞不典型增生程度的加重，DNA非整倍體出現(xiàn)率增高，這是癌變的一個重要標(biāo)志。醫(yī)學(xué)|教育網(wǎng)

（2）在腫瘤的診斷、預(yù)后判斷和治療中的作用：FCM在腫瘤診斷中的重要作用已經(jīng)被認(rèn)可，DNA非整倍體細(xì)胞峰的存在可為腫瘤診斷提供有力的依據(jù)，F(xiàn)CM分析病理細(xì)胞具有速度快、信息量大，敏感度高等優(yōu)點，已被用在常規(guī)工作中。腫瘤細(xì)胞DNA倍體分析對病人預(yù)后的判斷有重要作用，異倍體腫瘤惡性病變的復(fù)發(fā)率高、轉(zhuǎn)移率高、死亡率也高，而二倍體及近二倍體腫瘤的預(yù)后則較好。

FCM不僅可對惡性腫瘤DNA含量進行分析，還可根據(jù)化療過程中腫瘤DNA分布直方圖的變化去評估療效，了解細(xì)胞動力學(xué)變化，對腫瘤化療具有重要的意義。臨床醫(yī)師可以根據(jù)細(xì)胞周期各時相的分布情況，依據(jù)化療藥物對細(xì)胞動力學(xué)的干擾理論，設(shè)計最佳的治療方案，從DNA直方圖直接地看到瘤細(xì)胞的殺傷變化，及時選用有效的藥物，對瘤細(xì)胞達到最大的殺傷效果。醫(yī)學(xué)|教育網(wǎng)

此外FCM近幾年還被應(yīng)用于細(xì)胞凋亡和多藥耐藥基因的研究中，醫(yī)學(xué)工作者開始研究如何用藥物誘導(dǎo)癌細(xì)胞死亡。通過對細(xì)胞體積、光散射、DNA含量及特異性抗原基因（如bcl-2，F(xiàn)as等）測定分析出細(xì)胞凋亡情況。多藥耐藥是腫瘤病人化療失敗的主要原因，F(xiàn)CM對多藥耐藥基因（P170等）和凋亡抑制基因及凋亡活化基因表達的測定，可為臨床治療效果分析提供有力依據(jù)。