FCM通過對外周血細胞或骨髓細胞表面抗原和DNA的檢測分析，對各種血液病的診斷、預后判斷和治療起著舉足輕重的作用。

（1）白血病的診斷和治療：FCM采用各種抗血細胞表面分化抗原（CD）的單克隆抗體，借助于各種熒光染料（異硫氰基熒光素FITC，藻紅蛋白PE等）測定一個細胞的多種參數(shù)，以正確地判斷出該細胞的屬性。各種血細胞系統(tǒng)都具有其獨特的抗原，當形態(tài)學檢查難以區(qū)別時，免疫表型參數(shù)對各種急性白血病的診斷和鑒別診斷有決定性作用。例如干細胞表達CD34，髓系表達CD13、CD14，B細胞系表達CD10、CD19、CD20等，T細胞系表達CD2、CD3、CD5、CD7，利用FCM可以測定出血細胞表達各種抗原的水平，協(xié)助臨床確診。

同其它腫瘤的治療一樣，測定DNA倍體和進行細胞周期分析對指導白血病化療有一定作用，不同的白血病患者或同一患者在不同病期白血病細胞增殖狀況不同，定期了解細胞增殖情況采取相應藥物可以提高療效。

目前臨床除化療藥物治療外還采用造血干細胞移植技術治療急性白血病和一些疑難性疾病。FCM通過對人白細胞抗原（HLA）配型的測定可以為異體干細胞移植病人選擇出最合適的供體。造血干細胞移植技術主要包括干細胞的鑒別、活性測定、干細胞動員和采集、分離純化、保存擴增、腫瘤細胞的凈化、干細胞回輸以及術后保持移植物抗宿主病的低發(fā)生率等一系列過程。FCM測定CD34、HLA-DR、CD33等細胞表面標志物，成為干細胞移植技術重要的監(jiān)測手段。用FCM檢測一系列指標觀察病人的恢復狀態(tài)，可以對預后做出早期的判斷。醫(yī)學|教育網(wǎng)

（2）其它種類血液病的診斷和治療監(jiān)測：陣發(fā)性睡眠性血紅蛋白尿癥是一種造血干細胞克隆病，細胞CD55、CD59抗原表達減低是該病的一個特點。該抗原屬于血細胞表面磷脂酰肌醇錨連蛋白家族，是重要的補體調(diào)節(jié)蛋白，它通過與補體C8、C9的結合以阻止補體膜攻擊復合物的形成，從而抑制細胞被補體激活溶解。FCM采用熒光標記的單克隆抗體對血細胞CD59的表達做定量分析，可以協(xié)助臨床做出診斷并判斷疾病的嚴重程度。

（3）網(wǎng)織紅細胞的測定及臨床應用：網(wǎng)織紅細胞計數(shù)是反映骨髓造血功能的重要指標，醫(yī)學|教育網(wǎng)FCM通過某些熒光染料（吖啶橙、噻唑橙等）與紅細胞中RNA結合，定量測定網(wǎng)織紅細胞中RNA，得到網(wǎng)織紅細胞占成熟紅細胞的百分比。有作者報道FCM方法比目測法結果精確度更高。此外FCM還可以測量出網(wǎng)織紅細胞的成熟度，對紅細胞增殖能力的判斷很有意義。為干細胞移植術后恢復的判斷、貧血的治療監(jiān)測、腫瘤病人放化療對骨髓的抑制狀況等提供了依據(jù)。