藥品監(jiān)督管理的主管部門是食品藥品監(jiān)督管理局。

（一）藥品監(jiān)督管理部門

國家藥品監(jiān)督管理局主管中國境內的藥品監(jiān)督管理工作，主要負責藥品研制、生產、流通、使用全過程的監(jiān)督管理，以及對藥品監(jiān)管部門自身的監(jiān)督管理，依法嚴厲查處各種違法違規(guī)行為。

（二）衛(wèi)生行政部門

衛(wèi)生部“管理國家食品藥品監(jiān)督管理局和國家中醫(yī)藥管理局。”

同時，衛(wèi)生行政部門在職責范圍內負責制定藥品、醫(yī)療器械規(guī)章，依法制定有關標準和技術規(guī)范；負責建立國家基本藥物制度，制定國家藥物政策；負責指定中醫(yī)藥事業(yè)的發(fā)展規(guī)劃，制訂有關規(guī)章和政策；負責審批與吊銷醫(yī)療機構執(zhí)業(yè)證書；負責醫(yī)療機構麻醉藥品和精神藥品的管理；負責醫(yī)療機構中與實施藥品不良反應報告制度相關的管理工作，參與藥品、醫(yī)療器械臨床試驗管理；負責對醫(yī)療機構藥房及藥品，醫(yī)療器械使用的管理和監(jiān)督，指導與管理醫(yī)療機構臨床合理用藥，規(guī)范處方行為。

在此基礎上，在衛(wèi)生部內設立了藥物政策與基本藥物制度司。承擔建立國家基本藥物制度并組織實施的工作，組織擬訂藥品法典和國家基本藥物目錄；組織擬訂國家藥物政策；擬訂國家基本藥物的采購、配送、使用的政策措施，會同有關方面提出國家基本藥物目錄內藥品生產的鼓勵扶持政策，提出國家基本藥物價格政策的建議。

（三）國家中醫(yī)藥管理部門

國家中醫(yī)藥管理局負責擬定中醫(yī)藥和民族醫(yī)藥事業(yè)發(fā)展的規(guī)劃、政策和相關標準，負責指導中藥及民族藥的發(fā)掘、整理、總結和提高；負責中藥資源普查，促進中藥資源的保護、開發(fā)和合理利用。

（四）國家發(fā)展和改革宏觀調控部門

國家發(fā)展和改革委員會負責監(jiān)測和管理藥品宏觀經濟；負責藥品價格的監(jiān)督管理工作；依法制定和調整藥品政府定價目錄，擬定和調整納入政府定價目錄的藥品價格。

國家發(fā)展和改革委員會成立了藥品價格評審中心。

（五）人力資源和社會保障部門

人力資源和社會保障部門統(tǒng)籌建立覆蓋城鄉(xiāng)的社會保障體系。負責統(tǒng)籌擬訂醫(yī)療保險、生育保險政策、規(guī)劃和標準；擬訂醫(yī)療保險、生育保險基金管理辦法；組織擬訂定點醫(yī)療機構、藥店的醫(yī)療保險服務和生育保險服務管理、結算辦法及支付范圍等工作，包括制定并發(fā)布《國家基本醫(yī)療保險、工傷保險和生育保險藥品目錄》。

（六）工商行政管理部門

工商行政管理部門負責藥品生產、經營企業(yè)的工商登記、注冊，負責查處無照生產、經營藥品的行為；負責藥品廣告監(jiān)督與處罰發(fā)布虛假違法藥品廣告的行為；負責監(jiān)管管理藥品市場交易行為和網(wǎng)絡商品交易行為，包括城鄉(xiāng)集貿市場的中藥材經營。