新生兒巨結腸的治療有下列幾種方案：

（1）非手術療法：適用于診斷未完全確定和有感染（如肺炎等）或全身情況較差的小兒，待小兒全身情況好轉后再作根治手術。措施以灌腸為最有效。灌腸要用溫等滲鹽水，反復灌洗抽吸直到流出液不含糞汁，須每日或隔日進行，同時要注意小兒的營養(yǎng)狀況和預防感染等。

（2）結腸造瘺術：許多學者認為對于發(fā)育營養(yǎng)差、伴有嚴重小腸結腸炎的新生兒，早期做結腸造瘺術是暫時處理新生兒HD較好的方法，待全身情況好轉后施行根治手術。結腸造瘺應在無神經細胞腸段的近端。

（3）根治手術：適用于診斷肯定、情況良好的新生兒巨結腸。