腸套疊的病因及其發(fā)病機制至今尚未完全明了。一般將腸套疊分為原發(fā)性與繼發(fā)性兩種。約95％的小兒腸套疊屬于原發(fā)型，在腹腔內發(fā)生腸套疊的腸段及其附近腸管找不出顯著的器質性因素。5％左右的病例為繼發(fā)型，多數是兒童，由于腸管有一種明顯的機械原因，如梅克爾憩室翻人回腸腔內，成為腸套疊的起點，又如腸息肉、腫瘤、腹部紫癜之腸壁血腫等也可牽引腸壁而發(fā)生腸套疊。

關于腸套疊的促發(fā)因素，大多認為是腸蠕動的正常節(jié)律發(fā)生紊亂所致。不少學者認為腸套疊與病毒感染有關，事實證明腸套疊病兒的回腸末端腸壁淋巴濾泡常有增殖。Peyer淋巴結的肥厚，均是某種病毒的炎性反應。