1.氯己定與肥皂、碘化鉀等有配伍禁忌。與硼砂、碳酸氫鹽、碳酸鹽、氧化物、枸櫞酸鹽、磷酸鹽和硫酸鹽也有配伍禁忌。

2.本品與土霉素合用時，后者可干擾甲硝唑清除陰道滴蟲的作用。

3.長期大量使用經粘膜吸收后，也可產生與全身用藥相似的藥物相互作用，如抑制華法林和其他口服抗凝藥的代謝、干擾雙硫侖代謝及血清氨基轉移酶和乳酸脫氫酶測定結果、與肝微粒體酶誘導劑或抑制劑合用，可加快或減慢本品在肝內的代謝等。