百日咳桿菌引起的病理改變主要在氣管、支氣管黏膜，但鼻咽部也可以看到病變，主要表現(xiàn)為上皮細(xì)胞壞變、胞漿出現(xiàn)空泡，胞核碎裂、溶解，細(xì)胞死亡、脫落。上皮的中層和基底層有多核細(xì)胞和單核細(xì)胞浸潤(rùn)。支氣管及肺泡周圍粒細(xì)胞和淋巴細(xì)胞聚集，形成問(wèn)質(zhì)炎癥。并發(fā)腦病時(shí)腦組織充血水腫，神經(jīng)細(xì)胞變性，并有多處小出血灶。