原發(fā)性干燥綜合征侵犯胃腸道很多見，但患者不一定皆表現(xiàn)有明顯胃腸道癥狀。除因口干，咽、食管干燥致吞咽困難外，萎縮性胃炎高達(dá)70.5%（纖維胃鏡檢查結(jié)果，而胃腸科胃鏡日常檢查總的結(jié)果只7.6%檢出萎縮性胃炎）。低胃酸和無胃酸分泌者分別為36.4%和13.6%。35%患者血清抗壁細(xì)胞抗體陽性。作空腸粘膜活檢，部分病例雖不同顯微鏡只示兩側(cè)絨毛萎縮，但掃描電鏡下絨毛均較腫脹而粗短。20.5%患者有小腸吸收功能低下。15%有胰腺外分泌功能異常。急性胰腺炎雖不多見，但亞臨床型胰受累由1/4患者血淀粉酶升高看來并不少見。由于前述腸及胰腺原因，少數(shù)病例發(fā)生吸收不良綜合征（脂肪瀉、假性腸麻痹、惡液質(zhì)）招致死亡