大多數(shù)學(xué)者認(rèn)為，腮腺炎病毒首先侵入口腔黏膜和鼻腔黏膜，在上皮組織中大量繁殖后進入血液循環(huán)(第1次病毒血癥)，經(jīng)血流累及腮腺及一些組織，并在其中繁殖，再次進入血液循環(huán)(第2次病毒血癥)，并侵犯上次未波及的一些臟器。病程早期時，從口腔、呼吸道分泌物、血、尿、乳汁、腦脊液及其他組織中，可分離到腮腺炎病毒。也有研究者從胎盤和胎兒體內(nèi)分離出本病毒。根據(jù)本病患者在病程中可始終無腮腺腫脹，而腦膜腦炎、睪丸炎等可出現(xiàn)于腮腺腫脹之前等事實，也證明腮腺炎病毒首先侵入口鼻黏膜經(jīng)血流累及各種器官組織的觀點。也有人認(rèn)為病毒對腮腺有特殊親和性，因此進入口腔后即經(jīng)腮腺導(dǎo)管而侵入腮腺，在腺體內(nèi)繁殖后再進入血液循環(huán)，形成病毒血癥，累及其他組織。

各種腺組織如頜下腺、睪丸、卵巢、胰腺、胸腺、甲狀腺等均有受侵的機會。腦、腦膜、肝及心肌也可被累及，因此流行性腮腺炎的臨床表現(xiàn)變化多端，腦膜腦炎是病毒直接侵犯中樞神經(jīng)系統(tǒng)的后果，自腦脊液中有可能分離出病原體，雙側(cè)視神經(jīng)也見累及。