肛瘺的分類尚不統(tǒng)一，但最常用的分類方法有隅越幸男分類法、全國腸肛協(xié)作會議制訂的分類法、史兆歧教授分類法三類。具體描述如下：

全國腸肛協(xié)作會分類法

1.按病源分：化膿性肛瘺和結(jié)核性肛瘺。

2.按病變程度分①單純性肛瘺：a.低位單純性肛瘺：僅有一個瘺管，一個內(nèi)口和一個外口之完全瘺。內(nèi)口在齒線處，管道通過外括約肌淺部或淺部以下。

b.高位單純性肛瘺：僅有一個瘺管，內(nèi)口在齒線或齒線以上，管道行徑在外括約肌深層以上，或穿行于直腸粘膜下，而不穿過肌肉者（包括內(nèi)盲瘺及全內(nèi)瘺）。

②復(fù)雜性肛瘺：a.低位復(fù)雜性肛瘺：內(nèi)口在齒線處，管道在外括約肌深層以下，并有支管和空腔，外口和管道兩個或兩個以上（包括多發(fā)性瘺和無高位內(nèi)口的高位空腔，根據(jù)病變范圍占肛門周圍面積大小又可分為三度，Ⅰ度《1/4，Ⅱ度》1/4～1/2，Ⅲ度》1/2。

b.高位復(fù)雜性肛瘺：有兩個以上管道或支管和空腔，其主管道通過外括約肌深層以上或穿過直腸環(huán)，有一個或兩個以上內(nèi)口，內(nèi)口在直腸環(huán)以上者。根據(jù)病變侵犯肛門直腸范圍大小，亦和低位復(fù)雜性肛瘺一樣，可再分為三度。

③馬蹄形肛瘺：瘺管環(huán)行，外口在肛門部兩側(cè)，內(nèi)口多在截石位6點或12點處。又有前位、后位、前后位馬蹄形肛瘺之分。

a.前位馬蹄形肛瘺：瘺管環(huán)行，外口在肛門前方兩側(cè)擴(kuò)散到會陰及陰道瘺，外口若在肛緣2.5cm以內(nèi)，內(nèi)口就在對側(cè)。若在2.5cm以上者，內(nèi)口可能在后側(cè)。

b.后位馬蹄形肛瘺：瘺管環(huán)行，管道向肛門后兩側(cè)擴(kuò)散，距肛緣較遠(yuǎn)較深，有多數(shù)外口，多數(shù)瘺管管腔相互貫通，內(nèi)口大多在肛門后側(cè)。

c.前后位馬蹄形肛瘺：瘺管環(huán)行圍繞肛管，外口肛周一圈都有，少則幾個，多則幾十個，大面積被侵犯，管道行徑復(fù)雜。

史兆歧教授分類法

①皮下或粘膜下肛瘺：a.皮下瘺，是指原發(fā)內(nèi)口在肛竇，瘺管在肛門管皮膚下或肛門周圍皮膚下的淺在性肛瘺，外口距肛門很近。

b.粘膜下瘺，系指原發(fā)口在肛竇，瘺管在肛門管直腸粘膜下，皮膚外沒有開口。

②內(nèi)外括約肌間肛瘺：a.低位肌間瘺管：指內(nèi)口在肛竇，瘺管穿至內(nèi)外肛門括約肌間隙，穿過外肛門括約肌皮下部的肛瘺。而瘺管走向直，只有一個外口的，稱作單純性低位肌間瘺。而走向彎曲，有支管的稱為復(fù)雜性低位肌間瘺。

b.高位肌間瘺管：指內(nèi)口在肛竇，瘺管至內(nèi)外括約肌間向上發(fā)展的肛瘺。

③肛提肌下肛瘺：a.低位肌外瘺管：指內(nèi)口在肛竇，瘺管穿過肛門外括約肌淺部的肛瘺。向一側(cè)坐骨間隙發(fā)展的稱為單純性低位肌外瘺。向兩側(cè)坐骨直腸間隙發(fā)展，形成像馬蹄鐵形狀，肛門兩側(cè)都有外口的稱為復(fù)雜性低位肌外瘺，又叫低位蹄鐵形肛瘺。

b.高位肌外瘺管：指內(nèi)口在肛竇，瘺管穿過肛門外括約肌深部的肛瘺。向一側(cè)坐骨直腸間隙發(fā)展的稱為單純性高位肌外瘺，向二側(cè)坐骨直腸間隙發(fā)展的稱為復(fù)雜性高位肌外瘺，又叫高位蹄鐵形肛瘺。

④肛提肌上肛瘺：指內(nèi)口在肛竇或齒狀線上方肛管直腸壁上，瘺管由肌間隙進(jìn)入骨盆直腸間隙，穿過肛提肌的高位肛瘺。