表皮棘層肥厚，乳頭瘤樣增生和角化過度，間有角化不全。表皮嵴延長，在疣周圍向內彎曲，呈放射狀向中心延伸，在棘層上部和顆粒層內有大的空泡化細胞，為圓形，核深染，嗜堿性，核周圍有一透明帶圍繞。這些細胞有的僅含少量透明角質顆粒。相反在空泡化細胞之間的非空泡化的顆粒細胞內常含大量簇集的透明角質顆粒。增厚的角質層內間有角化不全，常位于乳頭體的正上方，排列成疊瓦狀。此種角化不全細胞的細胞核大，深嗜堿性，呈圓形而不是長條形。組織學和電子顯微鏡對比研究證實，在棘層上部的空泡化細胞和角質層的角化不全細胞的深嗜堿性的圓形核中，含有大量病毒顆粒。真皮乳頭層內可有炎性細胞浸潤，但無特異性。