《本經(jīng)》依循《內(nèi)經(jīng)》提出的君臣佐使的組方原則，也將藥物以朝中的君臣地位為例，來表明其主次關系和配伍的法則。《本經(jīng)》對藥物性味也有了詳盡的描述，指出寒熱溫涼四氣和酸、苦、甘、辛、咸五味是藥物的基本性情，可針對疾病的寒、熱、濕、燥性質(zhì)的不同選擇用藥。寒病選熱藥；熱病選寒藥；濕病選溫燥之品；燥病須涼潤之流，相互配伍，并參考五行生克的關系，對藥物的歸經(jīng)、走勢、升降、浮沉都很了解，才能選藥組方，配伍用藥。

藥物之間的相互關系也是藥學一大關鍵，《本經(jīng)》提出的“七情和合”原則在幾千年的用藥實踐中發(fā)揮了巨大作用。藥物之間，有的共同使用就能相互輔佐，發(fā)揮更大的功效，有的甚至比各自單獨使用的效果強上數(shù)倍；有的兩藥相遇則一方會減小另一方的藥性，便其難以發(fā)揮作用；有的藥可以減去另一種藥物的毒性，常在炮制毒性藥時或者在方中制約一種藥的毒性時使用；有的兩種藥品本身均無毒，但兩藥相遇則會產(chǎn)生很大的毒性，損害身體等等。這些都是業(yè)醫(yī)者或從事藥物學研究的人員必備的基本專業(yè)知識，十分重要，甚至操縱著生死之關隘，不可輕忽一分半毫。

很長一段歷史時期內(nèi)，《神農(nóng)本草經(jīng)》都是醫(yī)生和藥師學習中藥學的教科書，或者是作為必讀書，被放在了非常重要的位置上。書中對于藥物性質(zhì)的定位和對其功能主治的描述十分準確，其中規(guī)定的大部分藥物學理論和配伍規(guī)則，到今天，也仍是中醫(yī)藥學的重要理論支柱。對于現(xiàn)代的中醫(yī)臨床，《神農(nóng)本草經(jīng)》的論述仍舊具有十分穩(wěn)固的權威性，同時，它也成為了醫(yī)學工作者案頭必備的工具書之一。