種子含有毒成分，為4-O-甲基吡哆醇（4-O-methylpyridoxine），稱為銀杏毒素（ginkgotoxin）。還含6-（8-十五碳烯基）-2，4-二羥基苯甲酸[6-（pentadec-8-enyl）-2,4-dihy-droxybenzoic acid],6-十三烷基-2，4-二羥基苯甲酸（6-tridecy-2,4-dihydroxybenzoic acid），腰果酸（anacaridc acid和鉀、磷、鎂、鈣、鋅、銅等25種元素）。種仁含蛋白質，脂肪、碳水化合物、糖等。