革蘭氏染色原理目前有三種觀點：等電點學(xué)說、化學(xué)學(xué)說和滲透學(xué)說。

  等電點學(xué)說

革蘭氏陽性菌的等電點在pH2-3，比陰性菌（pH4-5）低，加之碘為弱氧化劑，可降低革蘭氏陽性菌的等電點，致使兩類菌的等電點差異擴大，因此陽性菌和堿性染料的結(jié)合力比陰性菌更強。

  化學(xué)學(xué)說

碘液在菌體內(nèi)與結(jié)晶紫結(jié)合后又和菌體內(nèi)核糖核酸鎂鹽-蛋白質(zhì)復(fù)合物結(jié)合，此結(jié)合物不易被丙酮酒精脫掉，呈革蘭氏染色陽性。因革蘭氏陰性菌缺乏核糖核酸鎂鹽，故對碘與結(jié)晶紫結(jié)合物攝取少，且不牢固，易被丙酮酒精脫色而呈革蘭氏染色陰性。

  滲透學(xué)說

乙醇使陽性菌所含粘肽多糖脫水而致細胞壁間隙縮小，通透性降低，在菌體內(nèi)保留了染料-碘復(fù)合物，呈紫色。陰性菌含粘肽少，細胞壁變化不大，通透性不受影響，菌體內(nèi)的染料-碘復(fù)合物較易透出，失去紫色，被復(fù)染成為紅色。