應注意與PBC、PSC、慢性病毒性肝炎相鑒別，此外也應注意遺傳性肝臟疾病（Wilson病、抗胰蛋白酶缺乏、血色?。?、藥物性肝病以及系統(tǒng)性紅斑狼瘡性肝損傷。

　?。ㄒ唬┡cPBC及PSC的鑒別三者的臨床表現(xiàn)有相似之處，且均易合并肝外自身免疫病，故有時不易鑒別，當出現(xiàn)重疊綜合征時，診斷更為困難。對有典型膽汁淤積表現(xiàn)及生化改變（ALP、GGT升高）病人，如AMA陽性和（或）組織學有典型改變即可診斷PBC；如膽管造影有膽管狹窄或擴張以及與正常膽管相間的串珠樣改變并可除外腫瘤、結石、創(chuàng)傷、手術等繼發(fā)原因即可診斷PSC.對不具上述典型表現(xiàn)的病人，則需依賴組織學特征及進一步的自身抗體分析進行鑒別。膽管損傷、膽管周圍纖維化及匯管區(qū)膽管消失更常見于PBC及PSC；自身抗體AMA有時可與AIH的特征性自身抗體共同出現(xiàn)，但除AIH／PBC重疊綜合征外，單獨出現(xiàn)時則對PBC的診斷更具有意義。

　?。ǘ┡c慢性病毒性肝炎的鑒別AIH的多項表現(xiàn)包括高γ球蛋白血癥、自身抗體和肝外自身免疫現(xiàn)象也常見于慢性病毒性肝炎（尤其是慢性丙型肝炎），而且AIH有時也可出現(xiàn)anti-HCV假陽性反應，因此兩者時常不易鑒別。血清中同時出現(xiàn)自身抗體、類風濕因子以及冷丙球蛋白多提示為合并自身免疫現(xiàn)象的慢性丙型肝炎，而非自身免疫性肝炎。5％慢性丙型肝炎患者血清中可出現(xiàn)ANA及SMA，但兩者一般不同時出現(xiàn)，效價多較低。偶爾也可出現(xiàn)anti-LKMl和anti-LCl.HCVRNA陽性是確證HCV感染的最可靠指標，AIH與慢性丙型肝炎的鑒別診斷極其重要，不恰當?shù)厥褂酶蓴_素治療可使AIH惡化，而盲目應用免疫抑制劑又可加重丙型肝炎患者的病毒血癥。