廣西中醫(yī)藥大學基礎醫(yī)學院前身是廣西中醫(yī)藥大學醫(yī)療系，1989年改名為基礎部，1995年曾更名為醫(yī)學系，2000年12月正式命名為基礎醫(yī)學院。

基礎醫(yī)學院下設行政、教學、科研、學生工作四個辦公室，按中醫(yī)基礎學科類和西醫(yī)基礎學科類共設6個系（中醫(yī)基礎理論與經典系、中醫(yī)診斷方藥系、中醫(yī)文史與各家學說系、人體形態(tài)學系、人體機能學系、公共衛(wèi)生系），21個教研室以及2個直屬實驗中心（中西醫(yī)基礎實驗教學中心、中醫(yī)基礎實驗研究中心）。擁有碩士學位授權點7個（中醫(yī)基礎理論、中醫(yī)診斷學、中醫(yī)臨床基礎、中醫(yī)醫(yī)史文獻、方劑學、中西醫(yī)結合基礎、微生物與生化藥學）；4門省級精品課程（中醫(yī)基礎理論、中醫(yī)診斷學、中國醫(yī)學史、中西醫(yī)結合生理學）；1個國家中醫(yī)藥管理局重點學科（中醫(yī)各家學說）醫(yī)學教育|網搜集整理、1個廣西重點學科（中醫(yī)醫(yī)史文獻）、5個校級學科（中醫(yī)基礎理論、中醫(yī)臨床基礎、生理學、免疫學、人體解剖和組織胚胎學）；1個廣西重點實驗室（中醫(yī)基礎研究實驗室）、1個廣西高校教學示范中心（中西醫(yī)基礎實驗教學中心），2個國家中醫(yī)藥管理局中醫(yī)藥科研二級實驗室（分子生物學實驗室、神經行為學實驗室）。