南京中醫(yī)藥大學校研究生教育始于1979年，首批招收20名碩士研究生。1981年被國務院批準為全國首批具有碩士學位、博士學位授權的單位之一，中醫(yī)內科學成為全國首批博士學位授予專業(yè)，另有中醫(yī)基礎理論等八個專業(yè)具備碩士學位授予權。

1995年經國家人事部批準，本校設立第一個中醫(yī)學博士后科研流動站。同年9月，招收了我國第一位針灸專業(yè)博士后。1997年南京中醫(yī)藥大學與日本國立富山醫(yī)科藥科大學簽訂了聯合培養(yǎng)中藥專業(yè)研究生協議書，開創(chuàng)了與國外大學聯合培養(yǎng)研究生的模式；1998年我校成為全國首批臨床醫(yī)學博士、碩士學位試點單位；2002年獲國家首批開展非醫(yī)學專業(yè)本科畢業(yè)生攻讀中醫(yī)學碩博連讀研究生的試點。