中醫(yī)系是我院成立最早的一個臨床大系，主要承擔中西醫(yī)各科的后期臨床教學任務，在編教師52人，其中教授10人，副教授20人，自院系合一、醫(yī)教結合后，附屬醫(yī)院（浙江省中醫(yī)院）相應臨床科室具有中、高級職稱的醫(yī)編教師亦承擔臨床教學工作，師資力量更為濃厚，至2002年底醫(yī)教結合教師已達180多人。

現(xiàn)設有中醫(yī)內科、西醫(yī)內科、中醫(yī)外科、西醫(yī)外科中醫(yī)婦科、中醫(yī)兒科、中醫(yī)眼科、中醫(yī)耳鼻喉科、中醫(yī)骨傷科、中西醫(yī)結合臨床、影像診斷11個教研室及骨傷、兒科、腫瘤3個研究室，教研室正副主任由附院臨床科室科主任兼任。

現(xiàn)有中醫(yī)內科、西醫(yī)內科、中醫(yī)婦科、中醫(yī)兒科、醫(yī)學|教育網搜集整理中醫(yī)骨傷科、中醫(yī)耳鼻喉科、中西醫(yī)結合臨床7個碩士點及1個中醫(yī)內科博士點，目前共有在讀研究生159人，其中博士生23人，2003新招研究生約90人。