第二軍醫(yī)大學(xué)長征醫(yī)院南京分院設(shè)有臨床科室25個，醫(yī)技科室15個，開展41個專業(yè)，14個實(shí)驗(yàn)室，8個診療中心：創(chuàng)傷急救中心、腦復(fù)蘇中心、血液凈化中心、聽力康復(fù)和眩暈治療中心、肝病中心、整形美容中心、口腔中心、體檢中心。 第二軍醫(yī)大學(xué)長征醫(yī)院擁有多排螺旋CT、4800TFCT、數(shù)字胃腸機(jī)及1000MA大型X光機(jī)、血管造影機(jī)、C臂機(jī)、IDC、CR和DR系統(tǒng)，多臺彩色多普勒超聲檢查儀、30臺血透儀、全自動呼吸機(jī)、高壓氧艙等大型醫(yī)療設(shè)備。以及經(jīng)顱多普勒超聲診斷儀、腦干誘發(fā)電位、各種內(nèi)窺鏡、24小時動態(tài)心電、動態(tài)血壓檢測儀、活動平板、多導(dǎo)生理記錄儀、各種激光治療儀、微波治療儀、血液光量子治療儀、呼吸睡眠監(jiān)測系統(tǒng)、骨髓細(xì)胞分析系統(tǒng)、前庭功能檢查系統(tǒng)、并新增了全自動生化儀、全自動血細(xì)胞分析儀、HT熒光酶標(biāo)儀、微生物鑒定及藥敏分析系統(tǒng)、心電監(jiān)護(hù)儀、全自動非接觸眼壓儀等先進(jìn)診療儀器。