安徽中醫(yī)藥大學研究機構：

截至2014年12月，學校有4個省級科技創(chuàng)新團隊醫(yī)學|教育網(wǎng)|搜集整理，24個省級以上重點實驗室及工程（技術）研究中心，建立了安徽省計算機中醫(yī)應用研究所、臨床醫(yī)學研究所、現(xiàn)代中藥研究中心、科研實驗中心、藥物研究所、中西醫(yī)結合研究所、新安醫(yī)學研究中心、中醫(yī)藥研究所、神經(jīng)病學研究所等研究機構，此外該校還建立了安徽省中藥材科技產(chǎn)業(yè)戰(zhàn)略聯(lián)盟。

教育部重點實驗室：新安醫(yī)學教育部重點實驗室。

安徽省重點實驗室：針灸基礎與技術安徽省重點實驗室、現(xiàn)代中藥安徽省重點實驗室、安徽省中藥研究與開發(fā)重點實驗室。

安徽省工程技術研究中心：現(xiàn)代中藥安徽省工程技術研究中心。

安徽省2011協(xié)同創(chuàng)新中心：安徽道地中藥品質(zhì)提升協(xié)同創(chuàng)新中心。

國家中醫(yī)藥管理局中醫(yī)藥科研實驗室（基地）：現(xiàn)代中醫(yī)內(nèi)科應用基礎與開發(fā)研究實驗室、數(shù)字化影像技術實驗室、中藥藥劑實驗室、神經(jīng)生物學（針灸）實驗室、免疫實驗室、細胞分子生物學（腦�。�實驗室、慢性阻塞性肺疾病肺氣虛證重點研究室、國家中醫(yī)臨床研究基地。