HSV基因組為一線性DNA分子，由共價連接的長片段（L）和短片段（S）組成。每片段均含有單一序列和反轉(zhuǎn)重復序列。基因組中有72個基因，共編碼70多種各異的蛋白質(zhì)，其中除24種蛋白的特性還不清楚外，醫(yī).學教育網(wǎng)搜集整理有18種編碼蛋白組成病毒DNA結合蛋白及各種酶類，參予病毒DNA合成，包裝及核苷酸的代謝等。30多種不同蛋白組成病毒結構蛋白（如衣殼蛋白、囊膜蛋白），在保護HSV的DNA，以及HSV的致病作用和誘導機體免疫應答中起重要作用。