1、 致病菌主要為鏈球菌或者葡萄球菌，慢性扁桃體炎多由于急性扁桃體炎的反復發(fā)作而演變，扁桃體實質結構的增生或纖維蛋白樣變性，瘢痕形成導致扁桃體隱窩口阻塞，引流不暢，細菌與炎性滲出物積聚其內，反復刺激導致扁桃體增大。

2、 繼發(fā)于某些急性傳染病如猩紅熱、白喉、流感、麻疹等。

3、 根據(jù)免疫學說扁桃體隱窩內細菌、病毒及代謝產(chǎn)物進入體液后，可引起抗體形成，繼之腺體內產(chǎn)生抗原抗體結合物，能起到一種復合免疫作用，從而認為慢性扁桃體炎是一種自身免疫反應。