（一）呼吸系統(tǒng)并發(fā)癥 肺炎最為常見，多為繼發(fā)感染所致。痙咳可減輕，患兒出現(xiàn)高熱、氣促、紫紺及肺部羅音。其他還可出現(xiàn)肺不張、肺氣腫和支氣管擴張等。原有肺結(jié)核患者再患本病可促使結(jié)核病變活動。

（二）中樞神經(jīng)系統(tǒng)并發(fā)癥 百日咳腦病是本病最嚴重的并發(fā)癥。發(fā)病率約2～3%。嚴重痙咳引起腦缺氧、水腫、血管痙攣或出血。表現(xiàn)為驚厥或反復抽搐、高熱、昏迷?；謴秃罂闪粲衅c等神經(jīng)系統(tǒng)后遺癥。

（三）其他 如結(jié)膜下出血、臍疝、腹股溝和脫肛等。