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克隆病最多累及回腸未端及鄰近的右側(cè)結(jié)腸，其次為局限于回腸末段或結(jié)腸，而整個胃腸道其他部位也可出現(xiàn)此病變，受累腸段呈節(jié)段性分布，與正常腸段分界清楚，可以呈區(qū)域性涉及一個腸段，也可跳躍性累及多個腸段。

本病的病理特點是貫穿腸壁各層的全壁性炎癥性病變，主要表現(xiàn)為粘膜充血、水腫、表面有潰瘍，漿膜層有纖維性滲出物，相應(yīng)的腸系膜充血、水腫、腸系膜淋巴結(jié)腫大。

鏡下所見為腸壁各層水腫，以粘膜下層最為明顯，有充血、炎性細(xì)胞浸潤、淋巴管擴張及組織細(xì)胞增生等。隨著疾病的發(fā)展，粘膜面有多數(shù)匐行性潰瘍或縱行裂溝，深達(dá)肌層并可互相形成竇道。附近的粘膜由于粘膜下層的水腫，肉芽腫性增生等，醫(yī)|學(xué)教育網(wǎng)搜集整理可隆起呈鋪路石狀。因腸壁有彌漫性炎細(xì)胞浸潤，肉芽組織增生及纖維化，使腸壁逐漸增厚僵硬，腸腔狹窄，呈橡皮管樣或皮革樣堅韌。受累腸段因有纖維素性滲出，常和鄰近的腸段及其他器官粘連；或與增厚的腸系膜、腫大變硬的淋巴結(jié)互相粘連成不規(guī)則腫塊。縱行裂溝與匐行潰瘍可并發(fā)穿孔和局部膿腫或穿透到其他腸段、器官或腸壁形成內(nèi)外瘺。組織學(xué)改變?yōu)槟c壁各層炎性反應(yīng)，彌漫性的淋巴細(xì)胞與漿細(xì)胞浸潤，并有散在非干酷性壞死性肉芽腫，后者的特點和結(jié)核性假結(jié)節(jié)相似，但無結(jié)核桿菌和干酷壞死。