移植物存活率很大程度上取決于供者和受者之間HLA型別相合的程度。在腎移植中，各HLA座配合的重要性依次為HLA-DR、HLA-B、HLA-A.近年來特別重視HLA-DP對移植器官長期存活的意義。在骨髓移植中，為預防嚴重的移植物抗宿主反應（graft versus host reaction，GVHR），一般要求從同胞中選擇HLA全相同的個體作為供者。醫(yī)學教育|網(wǎng)搜集整理此外，某些輸血反應以及習慣性流產(chǎn)也與HLA不兼容所導致的排斥反應有關(guān)。